研究院目前设有综合办、财务部、研发部、成果转化部、地方合作部等5个内设机构：

综合办：负责协助研究院领导班子开展行政工作，包括各类管理制度、决议等文件起草，人事、信息资料管理、宣传、后勤服务等。联系人：刘云祥，联系电话：0556-5050339。

财务部：负责会计核算、资金管理、预算控制、内部控制。联系电话：0556-5050334。

研发部：负责开展绿色环保、数字农业、智能制造等方面科技创新研究。联系电话：0556-5050338。

成果转化部：负责技术转化、产业孵化、企业合作、成果展示等，推动绿色科技产业化。联系人：许高阳。

地方合作部：负责研究中心与地方合作事宜。